Prawidłowo sprawowana kontrola wewnętrzna w przedsiębiorstwie powinna spełniać następujące funkcje:

• informacyjną – celem tej kontroli jest bieżące dostarczanie kierownictwu informacji i danych niezbędnych do zarządzania przedsiębiorstwem.
• profilaktyczną – zapobiega niepożądanym zjawiskom w firmie,
• instruktażową i doradczą – wskazuje, instruuje, udziela wskazówek i wyjaśnień poprzez dostarczanie prawidłowych informacji, wskazuje metody właściwego działania oraz umożliwia szybką likwidację niepożądanych zjawisk i wykrytych nieprawidłowości,
• kreatywną, inspirującą – poprzez wskazane w instrukcji obiegu dokumentów i kontroli wewnętrznej nakazy i zakazy stymuluje pozytywne działania i zachowania,
• korygującą – pomaga eliminować negatywne zachowania w dążeniu do tych pożądanych – wyznaczonych.
• wychowawczą – realizowaną poprzez stosowanie odpowiednich metod dydaktyczno-wychowawczych, obiektywną ocenę kontrolowanych pracowników, wyników kontroli.

Czynności kontrolne powinny być prowadzone według kryteriów: celowości, gospodarności, rzetelności i legalności. Nie można ograniczać się tylko do kontroli formalno-rachunkowej, powinna ona dotyczyć także merytorycznej oceny efektywności gospodarowania.

Kontrola wewnętrzna jest procesem ciągłym, systematycznym i szybkim. Powinna być przeprowadzana dokładnie i zapewnić prawidłowy przebieg procesów gospodarczych. Wskazane elementy kontroli wewnętrznej są podstawowym warunkiem efektywnego zarządzania przedsiębiorstwem. Aby jednak ta kontrola była skuteczna, niezbędny jest ład i porządek w przedsiębiorstwie, prawidłowy podział funkcji, obowiązków, odpowiedzialności i uprawnień pracowników, odpowiednio do firmy dopasowana rachunkowość, starannie dobrana wykwalifikowana kadra pracownicza, prawidłowy i terminowy spływ dokumentów do odpowiednich komórek organizacyjnych, właściwie opracowany plan kont oraz obieg dokumentów, profesjonalna informatyzacja rachunkowości.